Γεννημένος στη Λεμεσό της Κύπρου τον Ιούλιο του 1922, έζησε στις πρωτεύουσες του κόσμου «ως πλάνητας με προίκα και εφόδιο την ελληνικότητα, που έφερα μέσα μου, αρετή όντως», όπως περιγράφει ο ίδιος στη βιογραφία του με τίτλο «Σε πρώτο πλάνο», που έγραψε ο δημοσιογράφος Χρήστος Σιάφκος.
Σπούδασε Νομική στην Αγγλία και πήρε το δίπλωμά του. Εκεί, όμως, έβαλε τις ρίζες για τη μετέπειτα καριέρα του. Τα πρώτα χρόνια του Β' Παγκόσμιου Πόλεμου, ο νεαρός Κακογιάννης εργαζόταν στο BBC εμψυχώνοντας με τις εκπομπές του τους υπόδουλους Έλληνες, ενώ διδασκόταν σκηνοθεσία θεάτρου στο Ολντ Βικ. Παράλληλα, άρχισε να δουλεύει επαγγελματικά ως ηθοποιός με κορύφωση την εμφάνισή του στον πρωταγωνιστικό ρόλο του «Καλιγούλα», ρόλο για τον οποίο τον επέλεξε ο ίδιος ο Αλμπέρ Καμί και τον σκηνοθέτησε ο Αλέξης Σολομός, που επίσης τότε ζούσε στο Λονδίνο. Ήταν οι συμπτώσεις εκείνη την εποχή, που καθόρισαν τη ζωή του. Το γεγονός ότι γνωρίστηκε με τον Δημήτρη Χορν, που φιλοξένησε στο Λονδίνο κι ακόμα ότι ο Νάνος Βαλαωρίτης του υπέβαλε την ιδέα να γράψει το πρώτο του σενάριο με βάση την «Ερόικα» του Κοσμά Πολίτη, που έγινε ταινία πολύ αργότερα. Η γνωριμία του με τον Χορν και η σχέση τους, που συνεχίστηκε και στην Αθήνα, τον έφερε κοντά και στην Έλλη Λαμπέτη. Έτσι «γεννήθηκε» το «Κυριακάτικο ξύπνημα».
Η προβολή της ταινίας στις Κάννες και η επιλογή να ανοίξει αυτή το φεστιβάλ του Εδιμβούργου έβαζαν παράλληλα τις βάσεις για τη διεθνή καριέρα. Ακολούθησε η «Στέλλα» με τη Μελίνα, ταινία - μύθος στην οποία, όμως, οι κριτικές τότε δεν χαρίστηκαν (ειδικά από την Αριστερά), όπως δεν χαρίστηκαν στο «Κορίτσι με τα μαύρα» με τη Λαμπέτη, για την οποία όμως στο Λονδίνο το κοινό έκανε ουρές.
Αργότερα ήρθε η «Ηλέκτρα» με την Ειρήνη Παπά, ταινία που χρηματοδοτήθηκε από τη United Artists και ο «Ζορμπάς» με τον οποίο εδραίωσε απόλυτα την καριέρα του.
Μετά τον «Ζορμπά», αν όχι όλες, οι περισσότερες πόρτες ήταν πια ανοιχτές για τον σκηνοθέτη που άρχισε να εργάζεται και από τις δυο πλευρές του Ατλαντικού, στη Αμερική και την Ευρώπη, ανεβάζοντας κλασικό ρεπερτόριο, όπερα, αλλά συχνά και τραγωδίες, ειδικά στη Νέα Υόρκη. Είναι χαρακτηριστικό ότι παρουσίασε για πρώτη φορά τις «Τρωάδες» στο Φεστιβάλ των Δύο Κόσμων στο Σπολέτο της Ιταλίας για να τις επαναλάβει στη Νέα Υόρκη, αλλά και στο Παρίσι, πριν τις μεταφέρει κινηματογραφικά με την Κάθριν Χέπμπορν στο ρόλο της Εκάβης.
Η εργασία του Κακογιάννη είναι άρρηκτα δεμένη με τη ζωή του ή μάλλον η ζωή του ήταν η ίδια η δουλειά του. Επιλεκτικός ως προς την τελευταία, ήταν ικανός να συγκρούεται (κάτι που έκανε συχνά) με κρατικούς φορείς, προκειμένου να την προστατεύσει, αλλά και με φίλους του, όπως η Μαρία Κάλλας, όταν ένιωσε πως επενέβαινε στη διδαχή ενός ρόλου προς μία πρωταγωνίστριά του. Και την ίδια στιγμή που υπέγραφε τους «Μποέμ» στη «Τζούλιαρντ» της Νέας Υόρκης, έκανε με την ίδια ευχαρίστηση την «Όμορφη πόλη» στο αθηναϊκό «Παρκ».
Κορυφαία στιγμή της καριέρας του υπήρξε το δραματοποιημένο ντοκιμαντέρ «Αττίλας 1974». Όπως αφηγείτο ο ίδιος, μόλις είχε σκηνοθετήσει «Οιδίποδα Τύραννο» για το Εθνικό Θέατρο της Ιρλανδίας, όταν έμαθε για την εισβολή. Σε όλη τη διάρκεια της δικτατορίας ο Κακογιάννης δεν είχε έρθει στην Ελλάδα. Άλλωστε, ήταν από τους πρώτους που την 21η Απριλίου του 1967 έκανε δηλώσεις στα γαλλικά ραδιόφωνα, αλλά και από εκείνους που συνεργάστηκαν ειδικά με τη Μελίνα στον αντιχουντικό αγώνα.
«Έζησα καλή ζωή, ασχέτως αν ποτέ δεν έκανα οικογένεια. Αγάπησα πλάσματα, που με μεγαλύτερη παραφορά αγάπησαν εμένα, έσπασα συχνά τις ερωτικές συμβάσεις, που η τρέχουσα ηθική επέβαλλε. Αγάπησα πολύ περισσότερο, ωστόσο, τη δουλειά μου», έλεγε.
Έργο του Μιχάλη Κακογιάννη είναι και ο νυχτερινός φωτισμός των μνημείων της Ακρόπολης, τον οποίο εκείνος πρώτος οραματίσθηκε. Εκείνος δημιούργησε και τον σύλλογο «Οι φίλοι της Αθήνας».
Για την προσφορά του και το έργο του τιμήθηκε με πολλές διακρίσεις στην Ελλάδα, την Κύπρο και το εξωτερικό.
Βραβεύθηκε από την Ακαδημία Αθηνών για την προσφορά του στο έθνος, από το Φεστιβάλ Θεσσαλονίκης για το συνολικό έργο του και αναγορεύθηκε διδάκτωρ Τεχνών στο Columbia College, και επίτιμος διδάκτωρ στο Πανεπιστήμιο Αθηνών, στο Πανεπιστήμιο Κύπρου και στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης.
